Muzeum mieści się w zabytkowym dworze Marsów z XV wieku. Największy jego rozwój nastąpił w połowie XVIII wieku, kiedy był zarządzany przez rodzinę Dydańskich, a następnie w latach 1853-1945 pod opieką rodziny Marsów. Kompleks dworu Marsów obejmował browar, kaplicę, gospodarstwo hodowlane, park dworski oraz lasy i pola. Rodzina Marsów przyczyniła się do dynamicznego rozwoju gospodarki handlowej oraz rozkwitu politycznego miasta. To właśnie dzięki staraniom tej rodziny w 1867r powstał powiat limanowski. Dworek często odwiedzali wpływowi goście tacy jak: prezydent Ignacy Mościcki, belgijski Minister Spraw Zagranicznych oraz polski minister Spraw Zagranicznych Józef Beck.
Dworek został odebrany rodzinie Marsów po II wojnie światowej przez władze komunistyczne. Przez następne 5 lat (do 1951r) w budynku mieściło się Gimnazjum Leśne, a następnie Ośrodek Maszynowy i Powiatowy Sztab Wojskowy. W roku 1970 dworek zamienił się w siedzibę Muzeum Regionalnego Ziemi Limanowskiej.

Inicjatorami gromadzenia zbiorów regionalnych dla przyszłego Muzeum byli bracia Gawronowie. Zaczęli oni zbieranie eksponatów już w okresie międzywojennym. Po zakończeniu II Wojny Światowej do kolekcjonowaniu eksponatów przyłączyło się Polskie Towarzystwo Ludoznawcze Oddział Limanowa, którzy zajęli się gromadzeniem zbiorów historycznych oraz etnograficznych. W roku 1970 z Inicjatywy Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego oraz Miłośników Ziemi Limanowskiej powstało Muzeum Ziemi Limanowskiej PTTK. W 1987r Muzeum przemieniło się na państwową placówkę.

W muzeum znajdują się tysiące eksponatów historycznych, etnograficznych, fotograficznych oraz artystycznych. Muzeum posiada zarówno wystawy stałe (np. Świat dawnej apteki na polsko-słowackim pograniczu), jak i czasowe. Dodatkowo jest to miejsce w których organizowane są różnego rodzaju wydarzenia i projekty.